A mensagem de erro
significa o que diz — seu documento contém um (potencial) par de opções em conflito; infelizmente, nem sempre fica claro como o erro ocorreu.! LaTeX Error: Option clash for package footmisc
Se você simplesmente escrever:
\usepackage[a]{foo}
...
\usepackage{foo}
O LaTeX fica satisfeito, assim como em:
\usepackage[a]{foo}
...
\usepackage[a]{foo}
já que o LaTeX consegue ver que não há conflito (na verdade, o segundo carregamento não faz nada).
Do mesmo modo,
\usepackage[a,b]{foo}
...
\usepackage[a]{foo}
não produz erros e não afeta o segundo carregamento. Entretanto,
\usepackage[a]{foo}
...
\usepackage[b]{foo}
produz o erro; mesmo que a opção ‘b’ seja um apelido para a opção ‘a’ — o LaTeX não "olha" dentro do pacote para checar nada disso.
A regra geral é: o primeiro carregamento de um pacote define o conjunto de opções; se um posterior \usepackage ou \RequirePackage também requisitar o pacote, as opções da requisição posterior podem não estender o conjunto no primeiro carregamento.
Felizmente, o erro (em casos desse tipo) é facilmente solucionado, uma vez que você tenha examinado o preâmbulo do seu documento.
Agora, suponha que o pacote foo carregue bar com opção b, e seu documento diga:
\usepackage{foo}
...
\usepackage[a]{bar}
ou
\usepackage[a]{bar}
...
\usepackage{foo}
O erro será detectado, ainda que você tenha carregado bar explicitamente apenas uma vez. Depurar tais erros é complicado: talvez exija a leitura dos logs (para descobrir quais pacotes foram requisitados) ou da documentação do pacote foo.
This question on the Web: http://latex.net.br/faq/FAQ-optclash.html
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